V roku 2001 bolo z podnetu obyvateľov Nitrianskej Blatnice založené občianske združenie Rotunda Jurko, ktoré sa začalo rotunde venovať, podnecovať záujem o jej ochranu a údržbu. Dôležitým medzníkom bol rok 2008. Vtedy prešla rotunda z vlastníctva Štátnych lesov SR do vlastníctva obce Nitrianska Blatnica. Odvtedy sa obidva subjekty systematicky a podľa svojich kompetencií venujú starostlivosti o rotundu a navzájom spolupracujú. Obecný úrad v Nitrianskej Blatnici v spolupráci s občianskym združením Rotunda Jurko zabezpečili v rokoch 2009 – 2016 reštaurovanie celého interiéru aj exteriéru rotundy vrátane prístavby – malej pustovne. Priebeh reštaurovania rotundy, ktoré viedol reštaurátor akad. maliar Jozef Dorica, priniesol nové významné objavy. Tie svojím charakterom a historickým zaradením jednoznačne posunuli jej vznik do predrománskeho obdobia, tzn. pred rok 1000. Medzi najdôležitejšie nálezy patril objav spôsobu výstavby kamenných múrov rotundy, ktorý doložil a potvrdil pôvodnosť a jednoliatosť dodnes zachovaných stien stojacich do výšky cca 6,5 m. Z hľadiska možnosti datovania vzniku rotundy na základe typológie objavených detailov najstaršej stavebnej konštrukcie bol v roku 2010 odkrytý zamurovaný pôvodný okenný otvor v juhozápadnej časti muriva steny lode rotundy. Objav tohto okna tiež z predrománskeho obdobia, spolu s vyššie uvedenými a ešte ďalšími nálezmi sa stali významnými dokladmi a oprávňovali zaradiť datovanie vzniku rotundy do veľkomoravského obdobia.

Z ďalších nálezov, ktoré je dnes možné vidieť na múroch v interiéri lode rotundy, sú fragmenty prvej, najstaršej vrstvy pôvodnej omietky a druhej, vývojovo mladšej vrstvy omietky pochádzajúcej takisto z najstaršieho obdobia existencie rotundy. Na druhej vrstve omietky boli objavené dva maľované konsekračné kríže – jeden zachovaný celistvo, druhý už len fragmentárne. Nález namaľovaných konsekračných krížov dokladá významný fakt, že akt posvätenia rotundy bol vykonaný za prítomnosti biskupa. Z hľadiska akceptácie zaradenia rotundy do veľkomoravského obdobia výrazne prispelo nadviazanie spolupráce s prof. RNDr. Pavlom Povincom z Univerzity Komenského v Bratislave v roku 2016. Pod jeho vedením bolo vytvorené medzinárodné konzorcium s cieľom určiť vek rotundy pomocou rádiouhlíkového datovania nezávislými, vo svete uznávanými laboratóriami. V konzorciu na výskume spolupracovali laboratóriá z Tucsonu (USA), Viedne, Zürichu, Debrecínu, Prahy a Bratislavy. Všetky skúmali odobraté organické vzorky (kúsky dreva, uhlíky), ako aj anorganické vzorky (murovacie malty a omietky), nájdené počas reštaurovania v najstaršom murive a omietkach stien. Výsledky meraní ukázali zhodu medzi laboratóriami, na základe ktorej stanovili vznik rotundy medzi rokmi 790 až 870 (do roku 830±40 rokov). Exaktne stanovený vznik rotundy s vysokou pravdepodobnosťou dokladá, že rotunda mohla byť postavená ešte pred príchodom misie Cyrila a Metoda v roku 863. Mohla vzniknúť aj za vlády nitrianskeho kniežaťa Pribinu, ktorý dal v roku 828 postaviť na Nitrianskom hrade kostol. Rotunda sv. Juraja pri Nitrianskej Blatnici je, vychádzajúc z dnešného stupňa poznania, najstaršou stojacou sakrálnou stavbou s pôvodnými múrmi na území Slovenska a v širšom priestore strednej Európy. Forma jej prezentácie a sprístupnenie historických hodnôt a nálezov bola stanovená takým spôsobom, aby dokladovala odkrytý rozsah najstaršieho muriva tak, ako sa zachovalo, v kombinácii s barokovou úpravou rotundy v roku 1777.