Históriu Rotundy sv. Juraja môžeme rozdeliť do troch vývojových etáp. Najstaršia, prvá etapa trvala nepretržite približne päť storočí – od polovice 9. storočia do polovice 13. storočia. Po zániku osídlenia v okolí rotundy ju zub času zmenil na ruinu. Po dlhom, približne 300 rokov trvajúcom období neznáma, zaznamenávame v rokoch 1530 – 1540 druhú etapu, kedy došlo k oprave a revitalizácii rotundy pre kultové potreby. V tejto renesančnej etape bola stavba opravená, ale bez výrazného zásahu – porušenia jej pôvodnej architektonickej podstaty. V dvoch písomných záznamoch sa nepresne spomína ako staviteľka (erecta) rotundy Mária Thurzová. Archívny výskum vykonaný v priebehu reštaurovania však jej existenciu v rode Thurzovcov v tomto období nepotvrdil. Je skôr pravdepodobné, že to bola Magdaléna Thurzová, ktorá dala rotundu nie postaviť, ale opraviť na pamiatku svojho manžela, ktorý padol v bitke pri Moháči v roku 1526. Pravdepodobne koncom 16. storočia bol k rotunde pristavaný malý objekt pustovne. Je to jediná zachovaná pustovňa tohto druhu na Slovensku. V období baroka bola prestavaná. Pôsobenie pustovníkov v rotunde dokladá záznam o úmrtí predposledného pustovníka vo farskej matrike v roku 1804. Dodnes hlbšie neprebádaná informácia z nitrianskej župnej kroniky z roku 1903 uvádza, že v budove v blízkosti rotundy pôsobila tzv. pustovnícka škola a navštevoval ju aj neskorší uhorský primas kardinál Ján Scitovský. Po zániku školy bola budova využívaná ako horáreň. V roku 1962 bola asanovaná.

V tretej, barokovej etape došlo v roku 1777 k radikálnej zmene vzhľadu stavby. Pred vstupom do rotundy bola pristavaná veža, nad interiérmi lode a apsidy boli vybudované tehlové klenby a nad vstupom do lode murovaná empora. S malými zmenami po neskorších opravách sa tento stav zachoval dodnes. Nepresnosti v zachovaných písomných dokladoch z kanonických vizitácií a barokový stavebný výraz, ktorý získala, výraznou mierou prispel na dlhé obdobie k povedomiu, že Rotunda sv. Juraja bola postavená v rokoch 1530 až 1540. Znalosti o zaniknutom osídlení, ktoré v minulosti spolu s rotundou tvorilo teritoriálne významný celok, zatiaľ nie sú úplne vyčerpané. Osídlenie, ktoré vzniklo niekedy začiatkom 9. storočia, sa nachádzalo v polohe dnešnej lúky Púsť, západným smerom od skalného výbežku dolnej časti úpätia vrchu Marhát, na ktorom je rotunda postavená (etymologický základ názvu Púsť mohli tvoriť slová: spustnutý, opustený). Pôvodný názov tohto, pre najstaršiu históriu Slovenska takého významného miesta, je zatiaľ stále nepoznaný a ukrytý v hlbinách času. Celá široká lokalita ponúka ďalšie možnosti archeologického výskumu a hľadania archívnych prameňov. V budúcnosti môžu priniesť nové objavy a zistenia, rozšíriť a spresniť znalosti nielen o najstaršej, ale aj o jej mladšej histórii, vrátane nových poznatkov o Rotunde sv. Juraja. Zachovaná stojaca rotunda zároveň dokladá už vysoký stupeň a rozsah kristianizácie obyvateľstva v čase jej vzniku na tomto území. Dialo sa tak prostredníctvom mocenskej a vlastníckej elity, ktorá kresťanstvo smerovala k nižšie postaveným širokým vrstvám obyvateľstva. Pomerne presné poznanie zachovanej architektonickej podstaty sakrálnej stavby a jej umiestnenie v rámci osídlenia čiastočne mení doteraz zaužívané schémy pohľadu a obohacuje ich o nové poznanie. Všetko uvedené nás oprávňuje vysloviť názor, že Rotunda sv. Juraja má ojedinelé miesto nielen v domácom kontexte. Získala unikátnu hodnotu dejinného a kultúrno-historického významu, ktorý ju radí medzi naše najvzácnejšie sakrálne národné kultúrne pamiatky.